Theo quy định tại Điều 20 Thông tư số 38/2015/TT-BTC , trường hợp doanh nghiệp phát hiện sai sót trong việc khai hải quan, nếu chủ động thực hiện khai bổ sung trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước khi cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan thì được miễn xử phạt
Ngoài ra, trường hợp khai bổ sung hồ sơ hải quan bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định thì sẽ được xem xét không xử phạt nếu thuộc các trường hợp quy định tại Điều 5 Nghị định 127/2013/NĐ-CP, Điều 4 Thông tư 190/2013/TT-BTC
Điều 5 Nghị định 127/2013/NĐ-CP
Điều 5. Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan
- Các trường hợp không xử phạt theo quy định tại Điều 11 Luật xử lý vi phạm hành chính.
Hàng hóa, phương tiện vận tải được đưa vào lãnh thổ Việt Nam do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng thì phải thông báo với cơ quan hải quan hoặc cơ quan có thẩm quyền khác theo quy định của pháp luật; hàng hóa, phương tiện vận tải đó phải được đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam sau khi các yếu tố nêu trên được khắc phục.
- Nhầm lẫn trong quá trình nhập khẩu, gửi hàng hóa vào Việt Nam nhưng đã được người gửi hàng, người nhận hoặc người đại diện hợp pháp thông báo bằng văn bản với cơ quan hải quan, được thủ trưởng cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý hồ sơ chấp nhận trước thời điểm quyết định kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc quyết định miễn kiểm tra thực tế hàng hóa; trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu là ma túy, vũ khí, tài liệu phản động, hóa chất độc Bảng I trong Công ước cấm vũ khí hóa học.
- Các trường hợp được sửa chữa, khai bổ sung theo quy định của pháp luật.
- Tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm quy định tại Điều 8, Điều 13 Nghị định này nhưng số tiền thuế chênh lệch không quá 500.000 đồng đối với trường hợp vi phạm do cá nhân thực hiện hoặc 2.000.000 đồng đối với trường hợp vi phạm do tổ chức thực hiện.
- Xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa không đúng với khai hải quan về số lượng, trọng lượng quy định tại các Khoản 1, 2, 3 và Khoản 4 Điều 7 Nghị định này mà hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không đúng với khai hải quan có trị giá không quá 10% trị giá hàng hóa thực xuất khẩu, thực nhập khẩu, nhưng tối đa không quá 10.000.000 đồng.
- Khai đúng tên hàng hóa thực xuất khẩu, nhập khẩu nhưng khai sai mã số, thuế suất lần đầu.
- Vi phạm quy định về khai hải quan đối với ngoại tệ tiền mặt, đồng Việt Nam bằng tiền mặt, vàng của người xuất cảnh, nhập cảnh mà tang vật vi phạm có trị giá dưới 5.000.000 đồng.
Điều 4 Thông tư 190/2013/TT-BTC
Điều 4. Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan
Việc áp dụng các trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về hải quan theo Điều 5 Nghị định được thực hiện như sau:
1. Hàng hoá, phương tiện vận tải được đưa vào lãnh thổ Việt Nam do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng thì phải thực hiện việc thông báo với Chi cục Hải quan hoặc Đội Kiểm soát hoặc Hải đội kiểm soát trên biển hoặc Cục Hải quan tỉnh, thành phố, chính quyền địa phương nơi gần nhất hoặc cơ quan có thẩm quyền khác theo quy định của pháp luật chậm nhất không quá 03 ngày, kể từ ngày đưa hàng hoá, phương tiện vận tải vào lãnh thổ Việt Nam.
Trường hợp không thông báo sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật hiện hành.
Việc xác định sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng thực hiện theo quy định tại khoản 13, khoản 14 Điều 2 Luật Xử lý vi phạm hành chính.
2. Việc thông báo nhầm lẫn quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định phải được người gửi hàng, người nhận hàng hoặc người đại diện hợp pháp thực hiện bằng văn bản, nêu rõ lý do gửi cho cơ quan hải quan kèm theo các chứng từ liên quan đến việc nhầm lẫn trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định việc kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc quyết định miễn kiểm tra thực tế hàng hoá; được Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan chấp nhận. Việc từ chối chấp nhận nhầm lẫn của cơ quan hải quan phải được thực hiện bằng văn bản trong đó nêu rõ lý do.
Trường hợp có căn cứ xác định có sự thông đồng giữa người gửi hàng, người nhận hàng và/hoặc người vận chuyển để trốn thuế, vận chuyển hàng hóa trái phép qua biên giới hoặc buôn lậu thì cơ quan hải quan có quyền từ chối chấp nhận nhầm lẫn.
3. Quyết định kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc quyết định miễn kiểm tra thực tế hàng hóa quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định được thể hiện bằng việc phân luồng tờ khai hàng hóa của hệ thống xử lý dữ liệu hoặc bằng phê duyệt của người có thẩm quyền trên tờ khai hải quan.
4. Quy định tại khoản 3 Điều 5 Nghị định được áp dụng đối với các trường hợp sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan được quy định tại khoản 2 Điều 22 Luật Hải quan, khoản 2 Điều 34 Luật Quản lý thuế và quy định tại Điều 14 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
5. Đối với các trường hợp quy định tại khoản 4, 5 và 7 Điều 5 Nghị định:
a) Tại thời điểm phát hiện hành vi vi phạm đã đủ cơ sở xác định thuộc trường hợp không xử phạt thì người có thẩm quyền xử phạt chỉ lập biên bản chứng nhận lưu hồ sơ;
b) Nếu chưa đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm có thuộc trường hợp xử phạt hay không xử phạt thì công chức hải quan đang thi hành công vụ lập biên bản vi phạm hành chính về hải quan; trên cơ sở hồ sơ hải quan, tài liệu có liên quan, biên bản vi phạm hành chính về hải quan, người có thẩm quyền xử phạt quy định tại khoản 2, 3, 4, 5 Điều 19 Nghị định quyết định về việc xử phạt hoặc không xử phạt;
c) Hành vi vi phạm pháp luật về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu quy định tại khoản 4 Điều 5 Nghị định bao gồm các hành vi vi phạm quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 8, khoản 1, khoản 2 Điều 13 Nghị định.
6. Khi có cơ sở xác định người khai hải quan khai đúng tên hàng hóa thực xuất khẩu, nhập khẩu nhưng khai sai mã số, thuế suất lần đầu, cơ quan Hải quan hướng dẫn mã số, thuế suất chính xác và lập biên bản chứng nhận, không xử phạt.
7. Việc khai sai mã số, thuế suất được coi là lần đầu khi đáp ứng các điều kiện:
a) Cá nhân, tổ chức chưa xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa đó;
b) Chưa được cơ quan Hải quan hướng dẫn, xác định mã số, thuế suất hàng hóa đó hoặc đã hướng dẫn nhưng chưa đúng.
8. Những trường hợp sau được xác định là đã được cơ quan hải quan hướng dẫn, xác định về việc khai mã số, thuế suất:
a) Đã được cơ quan hải quan hướng dẫn khai mã số, thuế suất và đã lập biên bản chứng nhận về việc hướng dẫn việc khai mã số, thuế suất;
b) Cơ quan hải quan đã có văn bản xác định trước mã số, thuế suất;
c) Cơ quan hải quan đã xác định mã số, thuế suất hàng hóa và ban hành quyết định ấn định thuế.
9. Trường hợp nhập khẩu hàng hoá, vật phẩm vi phạm quy định về khai hải quan, vi phạm quy định tại Điều 14 Nghị định nhưng do doanh nghiệp bưu chính, chuyển phát nhanh thay mặt chủ hàng làm thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật, nếu không có căn cứ xác định có sự thông đồng giữa người gửi hàng, người nhận hàng, người làm thủ tục hải quan nhằm mục đích gian lận thì không xử phạt.